Horní Vltavice bývala součástí vimperského panství, patří k velmi starým sídlům.
První zmínka o obci je zaznamenána již v roce 1257.
Jméno obce Horní Vltavice se však objevuje v roce 1359.
Obec ležela na jedné z větví Zlaté stezky, která vedla od Vimperka k bavorskému Freyungu a odtud dále do Pasova.

V 16 - 18. století byla v okolí v provozu řada skláren. Přímo v Horní Vltavici je v roce 1618 doložena existence huti na zrcadlové sklo.
V roce 1858 na podnět vimperského knížecího lesmistra Josefa Johna byla někdejší část královského pomezního hvozdu, přesněji úpatí západního bočního hřebene Boubínské hornatiny zvaného Pažení, vyhlášena za přírodní rezervaci - Boubínský prales. Rozloha rezervace je v současnosti 666 ha a je třetí nejstarší přírodní rezervací v České republice.

Po roce 1945 došlo k vysídlení původního obyvatelstva a obec byla dosídlena Čechy, Slováky a emigranty z Maďarska a Rumunska.

DALŠÍ INFORMACE: http://www.hornivltavice.cz