Na přelomu 9. a 10. století za vlády knížete Spytihněva vzniklo na nepravidelné trojúhelníkové ostrožně nad řekou Sázavou, z východní strany chráněno dodnes patrným valem, hradiště Lštění, jedno z pěti hradišť, obklopujících přemyslovsou mocenskou doménu ve středních Čechách. Plnilo jednak vojenskou funkci a ochraňovalo významnou zemskou stezku z Prahy do jižních Čech, jednak sloužilo jako světské a církevní centrum. Již v této době zde vedle knížecího dvorce stál pravděpodobně kostelík, zasvěcený svatému Klimentu. Po vzniku jednotného českého státu význam hradiště ve Lštění postupně upadal. Poslední písemné zprávy o jeho existenci pocházejí z roku 1055, kdy Lštění bylo vybráno Spytihněvem II. jako místo pro uvěznění manželky jeho bratra Vratislava. Nejpozději ve 12. století hradiště ve Lštění zaniklo. Kostelík svatého Klimenta však zřejmě přetrval, i když první písemná zmínka o něm je až z roku 1352. Kostel v této době sloužil jako farní a obklopovala ho vesnička Hradišťko.

Jádro dnešní podoby kostela pochází z přelomu 14. a 15. století. Tehdy byl původní, románský kostelík zbořen a svatyně nově vystavěna. O gotické fázi svědčí stavební prvky v apsidovém presbytáři, zejména sanktuářový výklenek s orámováním z opukového kamene a gotický portál v severní zdi lodi, odhalený při opravě v sedmdesátých letech 20. století. Další informace o kostelu máme až z roku 1730. Tehdy jej dal barokně přestavět majitel konopišťského panství Jan Josef z Vrtby, jehož znak vidíme nad vchodem.

Vnější fasáda jednolodního kostela se segmentovou apsidou a západní hranolovou věží s cibulovitou střechou a lucernou a se vstupním portálem je členěna lizénovými rámci. Presbytář je sklenut konchou. Obdélníková loď má plochý strop na fabionu, kruchta valenou klenbu s lunetami. Okna jsou obdélníková, segmentovitě zaklenutá, zevně s barokní maltovou obrubou s klenákem nahoře. Oltářní mensa je zděná, na oltáři je umístěna dřevěná barokní socha sv. Klimenta s andílky po stranách. V rohu lodi u vítězného oblouku stojí kazatelna s barokní řezbou postav (alegorie Víry, Naděje a Lásky).

Kostel obklopuje hřbitov, na který se vchází barokní branou s letopočtem 1731. Na hřbitově při jižní kostelní zdi se nachází náhrobek dr. Eduarda Grégra (1827-1907), lékaře, politika a novináře, který poslední léta svého života strávil ve Lštění, kde také zemřel.