Vzniká v Rakousku soutokem Moravské a Rakouské Dyje (Thaya) a vstupuje na našem území jihozápadně od obce Podhradí nad Dyjí, odkud teče střídavě směrem jihovýchodním a severovýchodním podél jižní hranice našeho státu. Od Břeclavi směřuje k jihu, přičemž zde tvoří státní hranici až ke svému ústí do Moravy. Plocha povodí měří 12 000 km2. Délka sjížděné části toku (mimo hranici a hraniční pásmo) je asi 114 km (celková délka toku na našem území je 209,4 km).

Souvislá plavba po Dyji není možná, neboť řeka několikrát protéká hraničním pásmem. V její horní části za obcí Podhradí je na ní vybudována přehrada (Vranovská) s umělým jezerem dlouhým zhruba 30 km. Pod Vranovskou přehradou Dyje opět vtéká do hraničního pásma. Pak je sjízdná až od Znojma, u něhož je na řece postavena další přehrada s délkou vzdutí asi 5 km. Za Znojmem má Dyje nížinný charakter a po krátkém úseku u Valtrovic vtéká opět do hraničního pásma a dvakrát v krátkých úsecích opouští naše území. Další a poslední sjízdný úsek je od ústí Jevišovky do Břeclavi. Řeka zde teče zčásti regulovaným řečištěm. Mezi ř. km 68,5 a 52,0 byla vybudována tři vodní díla, která dala vznik tzv. Pálavským jezerům.