Vzniká soutokem horských bystřin Křemelné a Vydry u Čeňkovy pily na Šumavě. Odtud teče severním směrem do Sušice, kde se velkým obloukem přes Horažďovice stáčí k východu. Před Pískem u ústí Blanice se obrací znovu k severu a krátce před ústím do Vltavy na ř.km 169,1 u Zvíkova mění směr toku na severovýchodní. Odvádí vodu z plochy asi 3 800 km2, délka celé řeky je téměř 113 km a za příznivých podmínek je celá splavná.

Horní tok od Čeňkovy Pily do Rejštejna je rychlý, peřejnatý s velkými balvany a nepravidelnými prahy v řečišti. Jeho sjetí je možné jen na uzavřených lodích, s dokonalou výzbrojí a značnými vodáckými zkušenostmi. Údolí Otavy je zde úzké, zalesněné, po pravém břehu sleduje řeku silnice. Zalesněné údolí pokračuje i pod Rejštejnem, i když proud je již pomalejší a peřeje méně nebezpečné. Od Sušice teče Otava otevřenou lučinatou krajinou, ve které je její voda nadržovaná četnými jezy s vorovými propustmi. Slábnoucí proud končí ve vzduté vodě Orlické přehradní nádrže pod Pískem.